在企业的日常财务工作中，对于员工个人所得税的处理是一项重要的任务。根据我国现行的会计准则和税收法规，企业作为代扣代缴义务人，在代扣个人所得税时，是否需要通过“应交税费”科目进行核算呢？这一问题常常引起会计人员的关注。

首先，我们需要明确的是，企业在支付员工工资或发放其他收入时，根据税法规定负有代扣代缴个人所得税的义务。这部分税款实际上是属于国家财政收入的一部分，而非企业自身的负债。因此，在会计处理上，企业代扣的个人所得税并不符合负债的定义，即它不是企业因过去的交易或事项而承担的现时义务，也不需要在未来以资产或劳务偿还。

具体到会计科目的使用上，当企业从员工工资中扣除个人所得税时，应当借记“应付职工薪酬——工资”科目，贷记“其他应付款——代扣个人所得税”科目。这意味着这部分被扣除的资金暂时停留在企业账户中，并未真正成为企业的负债。只有当企业将代扣的税款实际缴纳给税务机关后，才通过“银行存款”科目减少相应金额，同时冲销“其他应付款”科目，完成整个流程。

如果企业在代扣个人所得税时不通过“应交税费”科目进行核算，而是直接记录为“其他应付款”，这不仅符合会计准则的要求，也能够更准确地反映企业的经济实质。因为“应交税费”科目通常用于记录企业自身应缴纳的各种税费，如增值税、企业所得税等，而个人所得税并非企业自身的税费负担，因此不应计入该科目。

综上所述，企业代扣代缴的个人所得税确实不应该通过“应交税费”科目进行核算，而是应当通过“其他应付款”科目来处理。这种做法既遵循了会计准则的精神，也确保了财务报表信息的真实性和准确性。企业应当严格按照相关规定执行，避免因不当处理而导致的财务风险。